Иосиф Флавий дважды подчеркивает, что ессеи, не порвав окончательно с иудейским вероисповеданием, не совершают жертвоприношений и не участвуют в них, нарушая тем самым один из главных догматов иудаизма: «в храм они доставляли пожертвования, но сами не занимались жертвоприношениями, признавая другие способы очищения более целесообразными. Поэтому им запрещен доступ в храм, и они совершают свое богослужение отдельно».
Однако в кумранских текстах есть ряд моментов, которые не совпадают с сообщениями И. Флавия и других историков о товариществе ессеев (например, в них ничего не говорится о делении общины на «Аарон» и «Израиль», о «великих» и их собратьях, о «Новом союзе» и «Праведном учителе», а также о преследованиях, которым он подвергся со стороны «нечестивого жреца»).
Израильский историк Клаузнер, однако, считает, что кумранскую общину нельзя отождествлять с есееями. По его мнению, авторами рукописей были сикарии, принадлежавшие сообществу Симона – сына Гиоры, Менахема – сына Иуды и др. Именно они представляли ту секту, о которой шла речь в «Уставе общины» и других манускриптах.
Большой интерес представляет вопрос о связях идеологии и организации кумранской общины с ранним христианством. «Праведный учитель», образ и судьба которого, как они представлены в свитках, побудили многих ученых отождествить его с Иисусом Христом.